「河とともに発展した玉名」をテーマにした常設展示や企画展示、映像等による展示があり、市民が参加できる地域に開かれた博物館活動が行われています。常設展示では「日置氏全盛の時代」（繁根木伝左山古墳出土の短甲や石貫穴観音横穴の模型等）、「海外交易の時代」（唐船の模型や高瀬津（港）に日本最初に揚陸された大砲のレプリカ等）、「廻船と高瀬御蔵の時代」（江戸時代の港や御蔵の模型等）等があり、屋外展示では屋上の16本の巨大な展示塔があります。（ガイドあり）